Pokémon não apenas recebeu elogios, mas também críticas ruins e contestações quanto a alguns aspectos. Um deles é o design da Jynx original que tinha a pele preta. Muitas pessoas diziam que era um tipo de racismo contido nos jogos, sendo criticado pela revista Black World Today dizendo que era uma ofensa às crianças, logo após o especial Holiday Hi-Jynx ir ao ar, na época do Natal. Em resposta à crítica, a Nintendo decidiu mudar a cor do Pokémon, alterando sua cara de preta para roxa. Pokémon é seriamente criticado por racismo. Até mesmo Brock, que tem uma pele mais escura no anime, teve de ter sua pele um pouco mais clara nos jogos.

Muitas igrejas evangélicas dos Estados Unidos (mas também de outros países como Brasil) acreditam que Pokémon é uma série satânica, embora o tema religião nunca tenha sido mencionado na série. As "conexões" mais comuns que essas comunidades apresentam entre Pokémon e o satanismo são:

* Pokémon seriam demônios, são capturados e invocados para fazer o mal.
* As Insígnias de Ginásio seriam talismãs mágicos que servem para controlá-los.
* Pedras mágicas (as Pedras Pokémon, usadas para evoluir Pokémon como o Pikachu e o Eevee) tornariam os Pokémon ainda mais demoníacos.
* Alguns Pokémon, como Murkrow e Darkrai, representam bruxas, fantasmas e demônios.

Mas não são apenas igrejas evangélicas que criticam a série. Judeus criticam o TCG por usar a suástica em algumas cartas. O Papa João Paulo II também já criticou Pokémon, alegando que viola a Criação segundo a Gênesis, mas em um pronunciamento em 2000, alegou que Pokémon seria apenas fruto de uma "imaginação fértil" e que não haveria problema em sua existência e ainda aprovou a série. Outra crítica quanto à religião foi no México, onde um padre planejou uma queima de vários objetos da série, mas desistiu.

Pokémon também recebe críticas relativas aos maus tratos de animais. O mecanismo principal da série, as batalhas, são comparadas com brigas de galo. Dessa maneira, treinadores capturariam e fariam os Pokémon batalharem até a morte. Outros também dizem que isso encoraja as crianças a fazerem crueldades com os animais e a apostarem ilegalmente. O uso de Pokémon para batalhas até a morte é malvisto na série, tanto que apenas os vilões, como as Equipes Rocket, Magma, Aqua e Galactic se baseiam nesse princípio e sempre são interrompidos pelos heróis. A mecânica do jogo se baseia na competição entre treinadores, mas sem o massacre de um Pokémon sobre outro. Tanto que nas batalhas, a vitória dada pela morte do adversário é proibida. Em alguns momentos, pensaram em proibir produtos da série em vários países incluindo Brasil, o que não mais acontecerá.

Há, ainda, a acusação de Pokémon não ser original e sim uma cópia do anime Plawres Sanshiro, de 1983. Enquanto em Pokémon os monstrinhos de bolso batalham, no anime Plawres Sanshiro são robôs capturados e usados para batalhar. Um caso semelhante, mas a favor de Pokémon, ocorreu na China, onde o mascote de um campeonato de futebol foi criticado como plágio do personagem Jirachi.

O anime de Pokémon sempre foi considerado muito cheio de clichês. Exemplos disso são o constante tema da Equipe Rocket, as sempre frustradas tentativas de captura de Pikachu por métodos sempre falhos e também a ingenuidade de Ash em relação ao mundo Pokémon, e muitos consideram esse como o motivo de o anime ter afastado vários fãs da série. O anime nunca foi aprovado por muitos pais e foi considerado "difícil" de assistir.